半妖的夜叉姬：永久、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女。年幼时期被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永久与刹那。永久通过了能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被阿篱所在的日暮家养育长大，成长为了一名精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是阿篱与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”的绰号，每天也同样在做着除妖的工作。自从永久与刹那两人分开之后已过去10年，穿越时代树时空的隧道再度开启。永久与出现在现代的刹那重逢，但不知为何，刹那已经忘记了永久。包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永久这些“半妖的夜叉”，开始在现代和战国时代掀起波澜！